Coronavirus buone notizie dallo Spallanzani

 “Il genoma è stabile, e questo è un elemento buono e utile  per i vaccini”

Pur variando lievemente da individuo a individuo come altri virus a Rna, il coronavirus Sars-Cov-2 ha un genoma stabile, il che significa che è più facile sviluppare vaccini efficaci.

Questo  è quanto hanno rilevato i ricercatori della core facility “sequenziamento avanzato (NGS)” del Laboratorio di Virologia dell’Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “Lazzaro Spallanzani”, diretto da Maria Rosaria Capobianchi, che hanno utilizzato un nuovo kit della Thermo Fisher per ottenere il sequenziamento completo del genoma del virus.

Un sequenziamento veloce

Il Laboratorio di Virologia,  tra i primissimi centri di ricerca in Europa, e primo in Italia, ha  generato dati di sequenziamento dell’intero genoma del nuovo coronavirus.

Il laboratorio si è avvalso di un nuovo kit, chiamato Ion AmpliSeq SARS-COV-2, per analizzare il virus a partire direttamente dai campioni clinici, grazie ai metodi di ultima generazione resi possibili dai sequenziatori ad alta processività, ed esplorare così la variabilità intrinseca del genoma virale.

“La capacità di eseguire rapidamente il sequenziamento di più campioni clinici e di decifrare accuratamente i cambiamenti chiave nel codice genetico del virus è cruciale per conoscere meglio il SARS-CoV-2 e sviluppare strategie per combatterlo” afferma Capobianchi.

“Grazie all’elevato potere di risoluzione realizzato con questo tipo di sequenziamento NGS, siamo in grado di analizzare la presenza di varianti anche minoritarie che si generano nel corso della replicazione virale.

Questo in genere non è possibile con altri approcci di sequenziamento massivo (es. shotgun), poichè la copertura lungo il genoma non è uniforme ed è richiesta una carica virale molto alta per ottenere un sequenziamento completo ed informativo”.

Oltre a ricostruire per ciascun campione la sequenza completa del genoma virale, usando questo approccio è stato possibile visualizzare in ciascun campione clinico la presenza di genomi che presentavano posizioni variate rispetto al genoma dominante.

Questa osservazione ha fornito la prova che il virus si comporta come altri virus a RNA, sviluppando una quasispecie all’interno di ciascun individuo infetto.

“I dati suggeriscono che, pur presentando la capacità di variare grazie al suo enzima replicativo che non è perfettamente fedele, in generale il genoma del virus è stabile, il che aumenta la probabilità che i futuri vaccini possano avere un tasso di efficacia più elevato” continua Capobianchi.

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